Fue creado en 1937 por estudiantes del Colegio San Bartolomé y del Instituto La Salle. Su constitución oficial con el actual nombre fue el 18 de junio de 1946, gracias a la gestión de Alfonso Senior Quevedo, quien fue su primer presidente.
Este club de futbol es uno de los más populares e importantes de Colombia. Con 13 títulos, al igual que América de Cali, es uno de los dos equipos que más campeonatos ha ganado de la Categoría Primera A del fútbol profesional colombiano en toda la historia.
Además, es uno de los tres únicos equipos que han jugado todos los torneos de Primera División en el país, junto a su tradicional rival, Santa Fe y al Atlético Nacional.
Junto con Santa Fe y el extinto Boca Juniors de Cali es uno de los equipos con más títulos en la Copa Colombia (dos cada uno), siendo así el equipo con más títulos de la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor) con 15.
En contraste, no gana un título colombiano oficial desde 1988, hace 21 años, cuando consiguió su decimotercer y último campeonato nacional, y además se encuentra sumido en la peor crisis deportiva, administrativa y financiera de su historia, que incluso amenaza con su liquidación.
A partir del inicio del campeonato del fútbol profesional colombiano en 1948 logró la mayor cantidad de los títulos locales que se disputaron y conformó un equipo denominado el Ballet Azul, que era considerado uno de los mejores del mundo durante la década de los años 1950, cuando consiguió muchos triunfos internacionales, entre los que destacan la Copa de las Bodas de Oro del Real Madrid y la Pequeña Copa del Mundo de Clubes de 1953, que le dieron los calificativos del equipo "Embajador", el "Mas Laureado" y el "Más veces campeón" del campeonato colombiano.
